Zu den komplexesten Folgen der ertragsteuerlichen Organschaft zählt die Abwicklung von sogenannten Mehr- oder Minderabführungen in der Bilanz des Organträgers. Bislang sollten dafür in der Steuerbilanz des Organträgers besondere aktive oder passive Ausgleichsposten gebildet werden, deren Charakter seit jeher umstritten war.
In einem vom Bundesfinanzhof (BFH) entschiedenen Streitfall wurde eine Organgesellschaft aufgespalten. Bis dato hatte sie ein Einzelhandelsunternehmen in Form zahlreicher Filialen betrieben. Vor dem Hintergrund der beabsichtigten Privatisierung des Filialgeschäfts wurde jede einzelne Niederlassung auf eine jeweils neu gegründete Tochtergesellschaft übertragen. Auch die Zentralfunktionen der bisherigen Gesellschaft wurden von einer eigens gegründeten Tochtergesellschaft übernommen. Durch die Aufspaltung endete die Organgesellschaft.
Vor dem Finanzgericht Sachsen-Anhalt war die Frage zu klären, ob ein Bilanzierungsfehler Teil der maßgeblichen Steuerbilanz wird, wenn das Finanzamt zuvor im Rahmen einer Betriebsprüfung fehlerhaft von der Bilanz des Steuerpflichtigen abgewichen ist.
Einkünfte aus Kapitalvermögen unterliegen seit 2009 der sogenannten Abgeltungsteuer. Genau genommen handelt es sich dabei nicht um eine eigene Steuerart, vielmehr bedeutet diese umgangssprachliche Formulierung, dass die persönliche Einkommensteuerpflicht von Kapitalerträgen, wie zum Beispiel Dividenden, durch den Einbehalt von Kapitalertragsteuer durch die Kapitalgesellschaft "abgegolten" ist.